攻占新平洋后，孫立人率新三十八師如下山猛虎般撲向于邦。親臨前線督戰的史迪威在日記中寫下自己的感受：“中國人打得很好，這些人勇猛無畏，下級軍官是好樣的�！毙氯藥熑繆Z占了于邦的日軍陣地。日本戰史這樣記載：“此番中國軍隊無論是編制、裝備，還是戰術、技術，都完全改變了面貌。盡管我軍第五十六聯隊奮勇作戰，但損失慘重……使全軍不禁為之愕然�！�
孫立人的新三十八師和駐印度的全體軍人，在密支那的攻堅戰歷時最長，也最為艱苦。緬語為“魔鬼居住的地方”的胡康河谷，位于緬甸最北方，由達羅盆地和新平洋盆地組成。河谷山高林密，河流縱橫，雨水泛濫，道路難行。在攻占新平洋的戰斗中，新三十八師官兵在過膝的泥水中奮戰，拼死攻擊日軍。戰局僵持時，史迪威派美國空軍用飛機從1944年5月18日至8月1日，大規模偷襲密支那，而中國人則組成“敢死隊”與正面部隊同時發動進攻。連續激戰81天，日軍終于全線崩潰。
密支那戰役，孫立人威名更盛了。
1944年8月，中國駐印軍攻占密支那城。由于緬甸的雨季到來，部隊奉命就地休整。此間，中國駐印軍隊擴編為兩個軍，孫立人任由新三十八師為基礎擴編成的轄新三十八師、新三十師的新一軍軍長。廖耀湘任新二軍軍長，原新一軍軍長鄭洞國升任中國駐印軍副總指揮。
孫立人的新一軍在密支那休整的后期，國內派來主要由大學生和高中生組成的青年軍，其中一部分派到新一軍。孫立人對這批有文化有知識的青年軍人說：“你們是知道怎樣打倒日本侵略者的，但打倒日本人的同時要保護好自己�！彼宰约旱倪x擇和經歷激勵投筆從戎的年輕人，在國家、民族生死存亡的關頭挺身而出，捍衛國家領土主權的完整和民族的尊嚴。來到新一軍的新兵們決心以軍長為楷模錘煉自己。
在緬甸兩年的艱苦戰斗中，在戰略上，孫立人自始至終采取主動沖擊戰略，使敵人處于相對被動狀態。在戰術上，他則成功采用“火力主義”戰術，即在攻擊前用猛烈炮火重創敵人陣地，再攻擊占領。他運用自創的戰略戰術，率領新三十八師、新一軍在協同盟軍抗擊日本侵略者的戰役戰斗中屢建戰功。顯赫的戰功，輝煌的戰績，使孫立人被國際輿論界譽為“東方的隆美爾”。
1945年5月，孫立人率新一軍回國。此時，歐洲盟軍統帥艾森豪威爾邀請蔣介石派3人考察團前往歐洲戰場考察，指名孫立人參加考察團。
積怨震主解除兵權
抗戰勝利后，赴歐考察回國的孫立人奉命率新一軍進駐廣州接受日軍的投降。孫立人借機對新一軍進行整訓和擴充，裝備了美國、日本的武器，收納了大量的軍用物資。此時，新一軍與新六軍、第五軍、第十八軍、第七十四軍并稱國民黨軍的“五大主力”，而新一軍更自稱為“天下第一軍”。
1946年，新一軍被蔣介石調派東北，投入反共反人民的內戰第一線。8月，孫立人被任命為東北保安副司令兼新一軍軍長和長春警備司令。來到東北，不是黃埔出身的孫立人與那些以“天子門生”自詡的黃埔系將領在心理上互不相容。孫立人征緬的基本部隊是由稅警總團改編而來的，原屬宋子文的“私人武裝”，因而受到歧視和擠壓。與此同時，蔣介石與特別欣賞孫立人的史迪威由相惡發展到相互不能容忍的地步，這也在一定程度上影響到蔣介石對孫立人的個人感情。孫立人雖被任命為東北保安副司令，其地位卻在比他小4歲黃埔系將領杜聿明之下，孫立人對此心生不滿。其后，長春警備司令一職又被另一黃埔將領、比他小6歲的廖耀湘奪去，孫立人更是憤憤不平。
1947年，是孫立人軍事生涯中最糟糕的一年。他率部進入東北以來，雖取得一些小的勝利，但遭遇林彪率領的解放軍部隊，其主力被林彪部吃掉了。孫立人和他的新一軍自出關后，再沒有什么光輝傳奇了。東北民主聯軍自編順口溜說：“吃菜愛吃白菜心，打仗要打新一軍。”“新一軍自稱鷹，實際是狗熊，行動像烏龜，打仗像爬蟲。”新一軍官兵頗不服氣，被解放軍俘虜的新一軍一一三團二營營長孫蔚民揚言：“我們軍座孫立人將軍說過，新一軍只打勝仗，不打敗仗。你們的總司令林彪太不仗義，偷偷摸摸地打。要不，我們擺開陣勢，重新打一仗試試�！�
然而，孫立人沒有再和林彪較量的機會了。在中國遠征軍進軍緬甸時與杜聿明結下的矛盾，延續到東北戰場了。杜聿明屢次發電給蔣介石，批評孫立人驕橫跋扈，指責其作戰不力。蔣介石鑒于孫立人和杜聿明不合，而且在東北將領中比較孤立，不可能取代杜聿明統領各軍，于是下決心解除孫立人的直接兵權。
不久，孫立人被調任陸軍副司令兼陸軍訓練司令，他苦心經營的新一軍則交由黃埔四期出身的新二軍第五十師師長潘裕昆指揮。
后來，孫立人通過美國人周旋，以他練兵有方的名義向蔣介石說情。蔣介石念孫立人在印緬戰場上的突出表現、在國際友人心目中的地位與影響，改派他到臺灣督練新軍。
全面免職身陷囹圄
1949年，國民黨敗退臺灣，孫立人出任“臺灣防衛司令”。1950年3月1日，蔣介石在臺北“復任總統”，當天任命孫立人為“陸軍總司令”。蔣介石在這時起用孫立人，是因為孫立人有親美的國際背景，希望通過起用孫立人改善國民黨破敗的國際形象，以求獲得美國援助。同時，由于國民黨來臺之初陸軍戰斗力衰敗，士氣低落，裝備極差，蔣介石為力保臺灣，又任命孫立人為“陸軍總司令”兼臺灣省“保安司令”。一年后，孫立人晉升為二級陸軍上將。
擔任“陸軍總司令”的孫立人，深深感受到陸軍的待遇遠不如空軍、海軍。為此，他頗為不滿，甚至追著蔣介石要求改善待遇。蔣介石心里袒護海軍和空軍，不理睬孫立人。一向看不起“海軍總司令”桂永清、“空軍總司令”周至柔的孫立人，情急之下喊道：“委座，我們可以比啊，國文、英文、數理化、操練、作戰，來比好了！”哭笑不得的蔣介石罵孫立人：“不懂政治�！� 孫立人在“陸軍總司令”任內，極力抵制當時的“總政戰主任”蔣經國在軍隊中的政治工作制度，得罪了“當朝天子”。美國政府對孫立人的期望甚高，把他和吳國楨視為一文一武之干才，有意加以培植。孫立人與美國關系向來引人矚目，美國有意“以孫代蔣”、主控臺灣的傳聞一度甚囂塵上。因此，蔣介石深恐孫立人以美國為靠山，挾美自重，難以控制，于是在1954年6月免去其“陸軍總司令”職務，給他個“總統府參軍長”虛職。
雖然被免了職，但事情并沒有結束。一年后，臺灣當局以孫立人與其部屬郭廷亮發動“兵變”的陰謀活動有關為由，對孫立人施行看管偵訊。1955年8月，蔣介石下令成立了以陳誠為首的9人調查委員會，調查“孫立人案件”。調查委經過50多天的“調查取證”，公布了1.6萬字的調查報告。10月31日，臺灣當局宣布對孫立人的處理：“以孫立人久歷戎行，曾在對日抗戰期間作戰立功，且于案發之后，即能一再肫切陳述，自認咎責，深切痛悔。既經令準免去總統府參軍長職務，特準自新，毋庸另行議處，由國防部隨時察考，以觀后效�！�
自由降臨公正未見
被免除軍政一切職務，接受“隨時察考，以觀后效”的孫立人，開始了長達33年的幽禁生活，成為國民黨高級將領中被軟禁時間僅次于張學良的人。臺灣當局為孫立人在臺中市向上路一段18號安排占地495平方米的平房，派出6位便衣“照顧”，個人任何活動均必須經上級批準。
在幽居臺中的漫長日子里，孫立人注重養生，定時起床、就寢，喜食水果、魚類及雜糧，堅持爬山、打網球等運動。每逢過節，孫立人都會來到神龕前默默地為死去的部下焚香燒紙。同時許下兩個心愿：一是回安徽老家探望父母墳冢；二是待“百年”之后歸葬廣州馬頭崗新一軍印緬陣亡將士公墓，與戰友“同冢長眠”。然而，孫立人的兩個愿望均無法實現。
孫立人曾對臺灣“外交部長”葉公超說：“我一生為國家犧牲、奉獻，在槍林彈雨中差點喪命，清白與榮譽對我來說太重要了。我今天生命可以不要，但要公正與清白�！�
由于其本人的堅持、家屬和昔日部屬的爭取，孫立人得到一些民選“立委”的支持。在蔣經國去世后的1988年3月20日，臺灣“國防部長”鄭為元來到孫立人寓所拜訪，告訴他：“今后你可以到任何想去的地方，見任何想見的人。”昔日名將孫立人，終于盼來了失去了33年的自由！可是，原來英姿颯爽、叱咤風云的將軍，已成為老態龍鐘的耄耋老人。
孫立人獲得自由了，他的舊屬熱烈地為他籌辦90大壽慶典活動。孫立人90壽辰慶典那天，臺中市中正禮堂里島內外賓客川流不息，3000多位故舊和部下齊呼擁戴孫立人的口號，使這位失去自由時未落淚的老將軍感動得熱淚盈眶。
但這一切并不是孫立人所期待的。他所期待的是：“政府應正式行文給我，并對國內外公布我是無辜的，然后還給我應得的榮譽�！笨墒�，孫立人的期待直到他臨終時也未能實現。
1990年11月19日，孫立人在臺中病逝。冰心老人曾與孫立人同船赴美留學，老同學的逝世令她心情十分沉痛。她撰寫了悼念孫立人的文章，文中以她年少時集龔自珍絕句為孫立人寫照：
風云才略已消磨，其奈尊前百感何。吟到恩仇心事涌，側身天地我蹉跎。
