6月11日，共產國際執委會主席團經過討論，作出《關于中共代表報告的決議案》，肯定“中國共產黨的政治路線是正確的”，“共產黨的鞏固，它的獨立性及它的統一”，是發展抗日民族統一戰線、爭取對日戰爭勝利的“基本保證”。
7月，王稼祥回國，由任弼時接替他擔任中共駐共產國際代表。行前，共產國際執委會主席季米特洛夫同王稼祥和任弼時談話，明確指出：應該承認毛澤東同志是中國革命實際斗爭中產生出來的領袖，請告訴王明，不要競爭了吧！這實際上表明共產國際明確承認了毛澤東在中國共產黨內的領袖地位。
上述史實充分說明，任弼時為共產國際了解和肯定中共的政治路線，承認并支持毛澤東為中國共產黨的領袖，為中共六屆六中全會糾正王明的投降主義錯誤起到重要的作用，為確立毛澤東領導核心地位立了功。
1940年3月26日，任弼時卸去中共駐共產國際代表職務，從莫斯科回到延安。根據毛澤東的提議，任弼時參加了中央書記處的工作，不久又擔任黨中央秘書長，負責書記處常務工作。從此，任弼時參與中共中央的重要決策，成為毛澤東的得力助手之一。
作為中共中央秘書長，從人事安排到誰吃大灶、中灶、小灶都要管。由于任弼時處理問題周到，待同志和藹可親，被稱為“黨內的老媽媽”。葉劍英對任弼時有一段形象的贊語：“他是我們黨的駱駝，中國人民的駱駝，擔負著沉重的擔子，走著漫長的艱苦的道路，沒有休息，沒有享受，沒有個人的任何計較。”
初回延安時，任弼時住在中共中央所在地的藍家坪，而毛澤東住在中央軍委所在地楊家嶺。為了加強與共產國際的聯系，任弼時著手建立了一個電臺，于1940年11月開始正式收發報。這部電臺供毛澤東專用，凡是從共產國際發來的絕密電報和“萬萬火急”電報，均由任弼時親自翻譯；毛澤東發出的電報，翻譯成俄文后，都經過任弼時校審定稿拍發。為了工作方便，任弼時的住所也搬到楊家嶺，以便隨時和毛澤東聯系協商工作。
不久，任弼時協助毛澤東領導和組織整風學習運動、大生產運動及精兵簡政等工作。
在整風運動中，任弼時全面回顧了對毛澤東的認識過程。他說，讀了毛澤東的《論持久戰》《中國共產黨在民族戰爭中的地位》等論著，認識到毛澤東在理論上“提問題敏銳、明確，掌握統一戰線有功績”，加上季米特洛夫的囑咐，提高了對毛澤東的認識。回到陜北后，又讀了《新民主主義論》及有關戰略問題的著作，認識到毛澤東之所以正確，“是基于堅定立場和正確思想方法”。質樸的言語中，表現出對毛澤東的佩服和信賴。
在整風運動中，康生搞“搶救運動”，后又拋出“自救運動”，大搞逼供信。任弼時發現問題后，幾次向毛澤東反映情況，提出必須馬上糾正。后來，毛澤東接受了他的意見，兩人商定了“一個不殺，大部不抓”的八字方針。隨后，中央又制定了九條，使整風運動回到正確的軌道上來。那個時候，康生只怕兩個人，一個是任弼時，另一個是毛澤東。
1943年3月，中共中央決定設立新的書記處，由毛澤東、劉少奇、任弼時三人組成。這一決定不僅進一步確立了毛澤東在全黨的核心地位，而且實現了中央政治局和書記處對全黨工作的一元化領導，為黨的第一代領導集體在黨的七大時的成熟奠定了堅實的基礎。
隨即，任弼時協助毛澤東領導了黨的七大的準備工作。黨的六屆七中全會又委托任弼時主持起草《關于若干歷史問題的決議》。1945年4月23日至6月11日，中共七大在延安隆重召開。任弼時作為大會秘書長，代表主席團宣布黨的第七次全國代表大會開幕。他在開幕詞中特別指出：“在24年的奮斗過程中，我們黨產生了自己的領袖毛澤東同志。毛澤東同志的思想，已經掌握了中國廣大的人民群眾，成為不可戰勝的力量。毛澤東三個字不僅成了中國人民的旗幟，而且成為東方各民族爭取解放的旗幟！”這次大會，總結了黨的歷史經驗，制定了正確的路線，選舉產生了以毛澤東同志為首的中央委員會。
