6月16日，北京又有5個地區升級為疫情中風險，至此北京已有1個高風險地區，為豐臺花鄉地區，也是全國唯一疫情高風險地區；27個中風險地區，涉及西城區、東城區、海淀區、朝陽區、豐臺區、大興區、房山區和石景山區。
北京已全面提升防控措施，應急響應級別由三級調至二級，中高風險街鄉、新發地市場相關人員禁止離京，其他人員堅持“非必要不出京”，確需離京的須持7日內核酸檢測陰性證明。
飛常準數據顯示，北京兩大機場進出港航班取消量激增。17日，截至發稿，首都機場取消550個架次；大興機場取消300個架次。
罕見！北京一天三場疫情發布會
6月16日，北京市就疫情防控連開三場新聞發布會，其中，16日晚上，北京市政府副秘書長陳蓓通報，近日在國家衛生健康委專家組的指導下進行了分析，經北京市新冠肺炎防控工作領導小組研究決定，按程序報批后，決定6月16日即時起，北京市應急響應級別由三級調至二級。
6月11日北京市在連續57天無新增本地確診病例后，再次出現本地病例。截至6月15日24時，累計報告116例檢測陽性者，其中確診病例106例，無癥狀感染者10例，所有病例均與新發地市場有關。
此次聚集性疫情已波及9個區28個街道，包括在三個省市(河北、四川、遼寧)引發了相關病例，本起聚集性疫情初步判斷由人際傳播或物品環境污染引發的感染所至，且密切接觸者中出現了明確的續發感染。
響應級別調至二級后，相應調整防控策略，包括：
1.嚴格農貿市場、菜市場、餐飲店、單位食堂等場所防疫措施，全面規范開展環境消殺并加強監測，對地下陰冷、潮濕的經營場所全部關停。上述場所相關從業人員必須佩戴口罩和手套。
2.嚴格口岸食品檢驗檢疫，完善進口食品檢疫標準，加強溯源管理。
3.中高風險街鄉、新發地市場相關人員禁止離京，其他人員堅持“非必要不出京”，確需離京的須持7日內核酸檢測陰性證明。
4.恢復社區封閉式管理，落實測溫、查證、驗碼、登記等措施后方可進入。中高風險街道(鄉鎮)所轄小區(村)外來人員及車輛禁止進入。高風險街道(鄉鎮)所轄小區(村)進行全封閉管控，人員只進不出、進行居家觀察并做核酸檢測。
5.調整公共交通限流比例，控制滿載率。落實消毒通風、體溫檢測、佩戴口罩、留觀區設置、發熱乘客移交和信息登記等防控工作。
6.在10類人員核酸檢測“應檢盡檢”基礎上，對過去14天到過新發地、玉泉東、天陶紅蓮市場等重點區域人員及密接者檢測全覆蓋，并擴大檢測范圍。
7.恢復各年級線上教學，高校學生停止返校。
8.商務樓宇、商超、酒店賓館、餐館、工廠、工地、各類門店等公共場所和健身場所須做好體溫檢測、日常通風消毒和健康寶“綠碼”查驗。二級應急響應級別下不需要停工停產，但是下調辦公樓宇到崗率，鼓勵遠程、居家等彈性辦公，鼓勵錯峰上下班。
9.圖書館、博物館、美術館等室內公共場所及公園景區限流30%，實行分時段預約限流、遠端疏導等防控措施；室內外體育健身場所，實行預約限流措施；停止開放籃球、排球、足球等團體及對抗性運動項目；關閉文化娛樂場所和地下空間體育健身場所、游泳館等。
10.對監管、養老、福利、精神衛生等特殊機構場所，實行嚴格封閉式管理，重點防控輸入性疫情和內部疾病傳播。
11.在嚴格落實各項防控措施條件下，可舉辦100人以內規模的會議或召開視頻會議。停止舉辦會展、體育賽事和演出活動。
12.堅持門診預約掛號制度。
13.停止開放境內跨省區市團隊旅游業務。
14.堅持科學戴口罩，隨身攜帶口罩。醫療衛生等專業機構、從事公共服務人員等必須佩戴口罩。小于1米近距離接觸、處于人員密集、封閉擁擠場所，必須佩戴口罩。
15.非必要不聚餐聚會聚集，嚴防人員扎堆，開展活動時盡量保持1米以上社交距離。人群密集場所要加強通風，嚴格按規范加大清潔消毒頻次和范圍。
北京市政府副秘書長陳蓓表示，下一步將持續分析評估國內外及本市疫情，根據疫情變化動態調整防控措施。
北京兩大機場航班大面積取消
受疫情影響，北京進出港航班數量大幅下降。飛友科技數據顯示，6月16日，北京機場進出港航班取消量陡增，當天原計劃執行786個航班，但最終取消了313個架次，取消量約40%，較6月15日翻了約一倍。
根據數據，6月北京進出港航班取消率分別只有19%和18%，呈現回暖趨勢。但受疫情沖擊，北京航班量和客座率近日出現明顯下降。
17日，航班取消量再度激增，兩大機場累計超過800個航班。截至發稿，首都機場取消550個架次；大興機場取消300個架次。
據財經報道，有航空公司已對部分北京相關航班免收退票手續費。中國國際航空相關客服人員表示，旅行日期在6月16日(含16日)-6月30日(含30日)之間，在航班起飛前提出退票的，可免收退票手續費。如果在航班起飛后，提出申請，則扣除相應的費用。
民航業分析人士呂彪對每日經濟新聞(微信號：nbdnews)記者表示，按照最新的疫情防控要求，人員出京嚴格管控，即使低風險地區人員，也是非必要不出京，必須出京也要提供核酸檢測陰性證明，這會在很大程度上影響出京客流，北京兩大機場和航司的業務不可避免會因此大大降低。
呂彪表示，經歷此前疫情，航空公司的經營均受到較大的沖擊。不久前，隨著國內疫情的穩定，多家航司的業務開始緩慢恢復，很多航司希望借助“618”等時間節點通過促銷拉動業績，盡量追回一些之前的損失。但從目前的態勢看，航空公司將再次受到疫情沖擊，也不可避免會給航空公司股價帶來影響。
部分省際長途客運班線暫停運營
據北京日報，由于北京連續出現新冠肺炎疫情確診病例，疫情防控形勢嚴峻，加之部分班線客流明顯減少，各省際客運站相繼收到了進站客運企業暫停進出京班線運營的申請，部分省際長途客運班線將陸續暫停運營，請廣大旅客出行前務必先行登錄《北京省際客運信息網》、“中交汽車票”微信公眾號查詢客運班線是否運營。
16日，北京省級客運信息網發布了“四惠站關于調整暫停營業的通知”。
通知中寫道，受北京疫情影響，各地防控等級不斷提升，為嚴控新型冠狀病毒通過道路客運傳播，按照行業管理部門相關防疫要求，自6月17日起，公聯長途四惠站根據進站企業暫停班線車輛運營的申請，暫停省際班線運營。
同時，公聯長途四惠站暫停營業，班線恢復運營時間及車站恢復營業時間將另行通知。請旅客關注北京省際客運信息網、微信公眾號的公告信息。
此外，在六里橋長途汽車站，受疫情反復和周邊地區防疫要求升級的影響，大部分線路已從今天開始就停止運營。
6月14日，位于新發地市場周邊的新發地長途客運站就已經開始停運。
6月15日，北京市交通委已下發通知要求，暫停北京巡游出租車、網約車、順風車的出京業務，恢復時間另行通知。
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